新生儿黄疸并发症主要有胆红素脑病、脏器功能损害、感染性休克、化脓性脑膜炎等，但是具体并发症与导致新生儿黄疸的病因有很大的关系。
- 新生儿黄疸主要是血清胆红素过度堆积而导致的，当胆红素超过一定量时，其中的游离胆红素容易透过血脑屏障，引起胆红素脑病，留下不可逆的神经系统后遗症，如手足徐动、牙釉质发育不全、智力低下、听力障碍等。
- 其次，并发症主要是与病因有关系。如果是病毒性肝炎、先天性胆道闭锁就容易导致肝功能损害，甚至出现衰竭。如果是感染导致的，就容易导致感染扩散，从而出现感染性休克以及化脓性脑膜炎等。
