核磁共振能区分肾肿瘤、肾囊肿。
大部分肾肿瘤为实质性的肿瘤，个别肾肿瘤为囊实性，很少出现单纯的囊性病变，而且肿瘤中一般不会含有液体。而肾囊肿属于单纯的囊性病变，囊壁相对比较光滑，囊内存在稀薄的液体。因此，通过核磁共振可以明确区分肾肿瘤、肾囊肿。
另外，肾肿瘤包括良性肿瘤和恶性肿瘤，通过核磁共振检查可以鉴别大部分良性肾肿瘤和恶性肾肿瘤。如果不能明确鉴别时，需要在超声引导下抽取肾脏活体组织进行病理学检查，通过病理学检查结果可以明确鉴别肿瘤的良恶性。
